Ia menyelesaikan pendidikan dasar di SDN Kutoharjo (1981–1987), melanjutkan ke SMP Negeri II Rembang (lulus 1990), dan kemudian ke SMA Negeri II Rembang (lulus 1993).
Setelah menamatkan sekolah menengah atas, Yaqut Cholil tercatat pernah kuliah di Universitas Indonesia (UI) dengan mengambil jurusan Sosiologi.
Di kampus itu, Yaqut Cholil juga dikenal aktif di organisasi mahasiswa sebagai salah satu pendiri Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII) Cabang Depok.
Namun, menurut berbagai sumber, pendidikan tinggi Yaqut Cholil yang ditempuhnya tersebut tidak pernah diselesaikan sampai memperoleh gelar sarjana.
Fakta ini juga tercantum dalam profil yang diunggah oleh Komisi Pemilihan Umum (KPU) saat pencalonannya pada pemilu, yang menyebutkan bahwa pendidikan Yaqut Cholil terakhir adalah SMA/sederajat.





