Ia menempuh pendidikan kedokteran di Universitas Sebelas Maret (UNS) dan menyelesaikan gelar sarjana kedokterannya pada awal 1990-an sebelum memperdalam spesialisasi di Universitas Airlangga (UNAIR) dalam bidang kardiologi. 

Selain itu, Prihati Pujowaskito juga memperoleh gelar Magister Manajemen Rumah Sakit dan Doktor Hukum Kesehatan, menunjukkan perpaduan antara keahlian medis dan pengetahuan manajerial serta regulasi kesehatan yang kuat.

Prihati Pujowaskito mengawali karier profesionalnya di lingkungan Tentara Nasional Indonesia Angkatan Darat (TNI AD) pada 1990, dengan tugas awal sebagai dokter di Komando Pasukan Khusus (Kopassus) hingga sekitar tahun 2000. 

Dalam perannya tersebut, Prihati Pujowaskito memberikan layanan medis kritis bagi pasukan elite Indonesia sebelum beralih menjadi dokter spesialis jantung dan pembuluh darah di lingkungan TNI AD. 

Seiring berjalannya waktu, Prihati Pujowaskito menempati berbagai posisi penting di Rumah Sakit Pusat Angkatan Darat (RSPAD) Gatot Soebroto. 

Prihati Pujowaskito pernah menjadi Kepala Departemen Jantung pada 2018–2021 dan kemudian menjabat Direktur Pengawasan Medik pada 2021–2022. 

Dalam kapasitas tersebut, Prihati Pujowaskito tidak hanya menangani pasien dengan penyakit jantung kompleks tetapi juga terlibat dalam pengelolaan pelayanan medis dan tata kelola klinis di salah satu rumah sakit terbesar di Indonesia.