Nur Mahmudi Ismail menjabat sebagai Menteri Kehutanan dan Perkebunan Republik Indonesia sejak (29 Oktober 1999) hingga (15 Maret 2001) ketika dipilih oleh Presiden Abdurrahman Wahid, meskipun masa jabatannya sering dirujuk sebagai periode 1999–2000 dalam beberapa daftar kabinet. 

Pada masa ini, ia memimpin kementerian di era Kabinet Persatuan Nasional, menghadapi tantangan dalam penataan kebijakan kehutanan pasca krisis ekonomi.

Serta melakukan sejumlah langkah terkait rehabilitasi hutan serta pengaturan izin kehutanan, termasuk upaya menanggapi tekanan terhadap eksploitasi sumber daya alam.

3. Muhammad Prakosa (10 Agustus 2001 – 20 Oktober 2004)

Muhammad Prakosa menjabat sebagai Menteri Kehutanan Republik Indonesia dari (10 Agustus 2001) hingga (20 Oktober 2004) pada masa pemerintahan Presiden Megawati Soekarnoputri dalam Kabinet Gotong Royong. 

Periode kepemimpinannya di kementerian ditandai dengan fokus pada upaya mengatasi illegal logging, penanggulangan kebakaran hutan, reboisasi, desentralisasi pengelolaan kehutanan, serta restrukturisasi industri kehutanan sebagai prioritas utama kebijakan kehutanan negara.

4. MS Kaban (21 Oktober 2004 – 20 Oktober 2009)

MS Kaban menjabat sebagai Menteri Kehutanan Republik Indonesia dari (21 Oktober 2004) hingga (20 Oktober 2009) pada masa pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. 

Selama periode ini, ia memimpin kementerian di tengah tantangan besar sektor kehutanan seperti pengelolaan izin konsesi hutan, alih fungsi lahan, dan pengawasan pemanfaatan sumber daya hutan di Indonesia, yang menjadi sorotan publik dan organisasi lingkungan. 

Masa jabatannya diikuti oleh kritik dan sejumlah proses hukum terkait kebijakan kehutanan yang diambil semasa periode itu, meskipun peran utamanya tetap sebagai kepala kementerian kehutanan dalam kurun tersebut.

5. Zulkifli Hasan (22 Oktober 2009 – 1 Oktober 2014)